Analyse structurale et fonctionnelle des complexes de protéasome humains

Nous nous intéressons à la caractérisation des relations structure/fonction du protéasome humain, un large complexe multi-catalytique chargé de la dégradation des protéines intracellulaires et qui est une cible thérapeutique dans le traitement de certains cancers.

Spectrométrie de masse structurale d’assemblages protéiques

Souvent restreinte à l’analyse de la structure primaire des protéines, la spectrométrie de masse a évolué au cours des vingt dernières années afin de fournir des informations sur les structures secondaires, tertiaires et quaternaires des protéines. La spectrométrie de masse structurale englobe un ensemble de méthodes complémentaires, incluant la spectrométrie de masse native, la spectrométrie à mobilité ionique, le cross-link, l’échange hydrogène-deutérium et la protéomique top-down, visant alors à collecter et rassembler le plus grand nombre d’informations possible sur une biomolécule.

Caractérisation des processus inflammatoires et immunitaires

La protéomique est un outil puissant pour l’élucidation de mécanismes biologiques complexes. En mettant à profit les grandes améliorations dans l’analyse protéomique large échelle d’échantillons complexes, nous utilisons des techniques de spectrométrie de masse de pointe afin d’apporter de nouvelles connaissances dans les mécanismes moléculaires de l’inflammation et des réponses immunitaires dans des systèmes cellulaires précis, tels que les cellules endothéliales ou différents types de cellules immunitaires.

Les axes majeurs de recherche sont :

• Analyse protéomique des réponse inflammatoires des cellules endothéliales,
• Mécanismes fonctionnels de l’interleukine-33, une cytokine jouant un rôle majeur dans l’immunité innée et les allergies,
• Caractérisation moléculaire précise de la voie des récepteurs des cellules T (TCR) des lymphocytes T,
• Analyse protéomique approfondie des cellules T régulatrices (Tregs).

Découverte de biomarqueurs

La protéomique basée sur la spectrométrie de masse haute résolution et les méthodes de quantification sans marquage ont considérablement progressé ces dernières années et sont devenues des méthodes extrêmement populaires et puissantes d’analyse différentielles d’expression protéique dans des échantillons biologiques complexes, en particulier dans le domaine de la découverte de biomarqueurs.

Gestion de données et développement d’outils protéomiques

L’analyse des données de protéomique nécessite l’utilisation de matériel informatique dédie afin d’enregistrer et stocker des données et des outils afin de valider, quantifier et répertorier les protéines. L’Infrastructure Protéomique de Toulouse a acquis au cours des années une importante expertise en bioinformatique avec une équipe spécialisée dans le stockage, le traitement et l’analyse des données mais également dans le développement de nouveaux moyens d’analyse des données.